브레인시티 조성사업은 경기도·평택시·성균관대학교가 지난 2007년 6월 양해각서를 체결한 후 ‘브레인시티개발(주)’의 특수목적법인회사(SPC)를 설립하여 도일동 일원 495만㎡에 첨단산업단지와 주거 및 상업기능 그리고 성균관대 제3캠퍼스 조성을 경기도로부터 2010년 3월 15일 일반산업단지 개발계획 승인을  받은 평택시의 주요 프로젝트 리딩 사업이다. 정상적인 사업절차라면 토지 및 지장물에 대한 감정평가가 완료되어 보상 실시 중에 있어야 할 시기이다. 그러나 브레인시티 일반산업단지계획은 승인일로부터 2년이 지나도록 사업전체면적의 25%이상을 보상에 착수하지 못하고 있어 ‘산업단지 인·허가 절차 간소화를 위한 특별법’ 제15조 규정에 따라 승인권자인 평택시의 사후 조치에 이목이 쏠리고 있다.
사업 시행사인 브레인시티(주)는 PF, 브릿지론 등을 통한 자금조달의 어려움으로 약 1조5천억 원에 이르는 보상금을 지급하지 못하고 있다. 시행사는 보상협의회를 구성하고 토지 및 물건조사와 함께 지적측량을 병행하면서 20%의 지분을 확보하고 있는 평택시에 유동화채권(ABS)발행을 요구하고 있다. 다시 말해 유동화채권 발행을 통해 사업의 활로를 찾고 다른 투자자들의 적극적인 투자를 이끌어 낼 방안이다. 또한 개발사업의 원활한 추진을 위해 기업유치 약정서(산업단지 면적의 18%)를 제출해달라고 한다. 사업 시행사에게는 토지 및 지장물 조사를 위한 보상자금이 없어 보이며, 기업유치를 위하여 평택시의 적극적인 사업 참여를 기대하고 있다.
시는 자본금 50억원 이상, 금융기관 출자 5%이상, 한시적 회사로서 존립기간 2년 이상의 요건을 갖춘 PFV [PF(Project Financing)를 위한 특수목적회사]설립조차 못한 시행사가 약 1조2천억~1조5천억 원에 이르는 보상금과 약 2조 원 가량의 개발사업 자금을 조달한다는 것은 어불성설이다. 또한 대체산림자원조성비 약 16억원도 납부하지 못하는 등 자금력이 부족한 브레인시티개발(주)에 시민의 혈세를 낭비할 수 없다는 강경한 입장이다.
농지대책위원회 및 주민보상협의회는 토지보상 이행 촉구와 함께 보상지연 및 사업지연으로 인한 피해보상 청구를 하고 있다. 브레인시티 조성사업 구역은 현재 토지거래허가제 및 개발행위 제한고시구역으로 묶여 있어 주민의 재산권 피해가 이루 말 할 수 없다고 한다. 시행사와 행정기관 간에 진행되어 왔던 사업의 내용들이 그동안 묵시되었다가 사업허가 만료일이 되는 시점에야 뇌관으로 발생하는데 따른 불만도 많다.
브레인시티 일반산업단지 조성사업을 통해 대학 및 연구시설을 유치하고 주변산업단지와 연계한 첨단산업 클러스터 구축으로 경쟁력 있는 교육도시를 지향코자 함이 시행사, 경기도, 평택시, 성균관대학교의 양해각서 체결 내용일 것이다. 하지만 시행사의 자금력 부족, 평택시의 소극적인 행정이 주민들의 시장실 점거까지 불러왔다고 본다. 시장실 점거는 이제 사업의 열쇠가 평택시청에게 있기 때문일 것이다.
평택시는 사업허가 만료일(3월14일)이 지남에 따라 투자자 유치와 사업성 제고를 위해 사업촉진방안을 사업시행자와 성균관대학교에 요구하는 등 다양한 방법을 추진한다고 한다.  첫째는 산업단지를 분리하여 시에서 개발과 기업유치를 담당하는 방안 둘째는 성균관대학교측에 공급면적 축소 또는 공급가액 현실화를 통한 사업성 제고방안 셋째는 사업추진이 어려울 경우 시행사, 수용세대, 시의회 의견을 모아 주민피해대책을 마련한다는 방안이다.
브레인시티 일반산업단지 조성 사업은 평택시가 필요로 하는 ‘프로젝트 리딩 사업’으로 인구 80만명의 자족도시와 교육도시를 실현하는데 꼭 필요한 사업임을 평택시민 어느 누구나가 인정한다. 하지만 2년이라는 시간 동안 ‘무엇을 선택하고 무엇에 집중하였는가?’ 시행사, 평택시, 성대 모두 자성할 필요가 있으며, 사업 진척을 위해 관계자간 얼마나 머리를 맞대고 고민했는지 성찰하여야만 내일을 열 수 있다. 사업의 키가 평택시에게 넘어간 만큼 사업에 대한 정확한 방안을 제시하고 제시한 내용에 대하여 적극적인 태도를 보여야 한다. 신뢰를 바탕으로 한 행정만이 시민들로부터 지원을 얻을 수 있다.